نخستین شمارۀ مجلۀ تاریخ علم در سال 1382 با هدف انتشار پژوهش‌های تاریخ علم توسط پژوهشکده تاریخ علم منتشر شد. از آن پس تا به امروز همراه با پرورش نسل تازه‌ای از محققان تاریخ علم در پژوهشکدۀ تاریخ علم دانشگاه تهران و دیگر مراکز دانشگاهی کشور، تاریخ علم تنها مجله‌ای در ایران است که عهده‌دار انتشار نتایج تحقیقات ایشان و دیگر محققان تاریخ علم دورۀ اسلامی از سراسر جهان است.
مجله بر اساس ارزیابی سال 1398 وزارت علوم، تحقیقات و فناوری حائز رتبۀ «ب» شده است.
مطابق بند 5 مادۀ دوم آیین‌نامۀ جدید نشریات علمی مصوب 1398/2/2 انواع مقالات علمی که پس از انجام مراحل داوری در این مجله منتشر می‌شوند از این قرارند: مقاله پژوهشی (Research/Original/Regular)، مروری (Review Article)، کوتاه (Short Paper)، مطالعه موردی (Case-Study)، روش‌شناسی (Methodologies)، کاربردی(Applied Article)، نقطه‌نظر (View point/Perspective/Opinion)، مفهومی (Conceptual Paper)، فنی (Technical Paper) و ترویجی.
مقاله‌هایی که در مجله بررسی می‌شوند باید حائز این شرایط باشند:
- مطابق با یکی از دسته‌های مقالات علمی که در آیین‌نامه نشریات علمی مصوب وزارت علوم، تحقیقات و فناوری آمده است؛
- به یکی از زبان‌های فارسی یا انگلیسی نوشته شده باشند؛
- حجم مقاله از 10000 کلمه بیشتر نباشد و شامل عنوان، چکیده (فارسی و انگلیسی)، کلیدواژه، متن مقاله و نتیجه‌گیری باشد؛
- چکیده مقاله باید به دو زبان فارسی و انگلیسی ارائه شود. چکیده فارسی حداقل 300 کلمه و حدکثر 500 کلمه باشد و چکیده انگلیسی حداقل 300 و حداکثر 500 کلمه باشد.