مجله تاریخ علم مقاله‌ها را از طریق سایت مجله دریافت می‌کند. لازم است نویسندگان بعد از مطالعه صفحه راهنمای نویسندگان، با اطلاع از شرایط و قوانین ارسال مقاله، حقوق نویسنده، ناشر و قوانین تعارض منافع مقاله خود را ارسال کنند. مقالاتی که به‌دست مجله می‌رسند توسط دو داور متخصص ارزیابی می‌شوند و ممکن است تعدادی از مقالات ارسال شده که  استاندارد مناسب و مرتبط با موضوع مجله نداشته باشند بدون انجام فرآیند داوری بازگردانده شوند.

بعد از دریافت مقاله و بررسی اولیه فایل‌های ارسالی و ارزیابی مقاله با نرم‌افزار مشابهت یاب (سمیم نور)، سردبیر (یا حسب مورد دبیر تخصصی) مقاله را بررسی می‌کند و بعد از تعیین دو داور ارزیاب، مقاله به داوران فرستاده می‌شود. نتیجه مشابهت‌یابی‌ به سردبیر و داوران اطلاع داده می‌شود. به منظور جلوگیری از پیش‌داوری، نوع داوری به صورت بسته است و داور از نام و اطلاعات نویسنده مطلع نیست. در صورت وجود نظرات مختلف مقاله به داور سوم فرستاده خواهد شد. ممکن است تعدادی از مقالات که از نظر سردبیر با موضوع اصلی مجله هم سو  نیستند پیش از مرحلۀ داوری بازگردانده شوند تا برای نویسنده این امکان باشد که مقاله را به مجله‌ دیگری بفرستد. تصمیم نهایی بر اساس نظر ارزیابان، داوری‌های دقیق و اعتبار و انسجام مطالب ارسالی و نظر موافق اعضای هیأت تحریریه اتخاذ خواهد شد و نظر نهایی به نویسنده اعلام می‌شود.